国家“863计划”现代农业技术领域在动植物功能基因组研究方面，利用“十五”建立的水稻功能基因组技术平台，系统开展了水稻产量、品质、抗病抗逆、营养高效性状的功能基因组研究，克隆验证了一批具有重要应用价值的新基因和调控因子；应用芯片技术建立了水稻重要农艺性状的全基因组表达谱；开展了比较基因组学研究，同时开展了第3、4染色体功能基因突变体的收集和系统鉴定；开展了小麦、玉米、棉花、油菜、大豆、花生、番茄等作物的功能基因组研究技术平台的构建，对重要农艺性状相关基因进行克隆验证；建立了家蚕和家鸡的功能基因组研究技术平台，分离克隆了与家蚕丝蛋白质合成、性别决定、发育变态、分子免疫相关以及与鸡的生长、品质、抗性、繁殖等重要经济性状相关的功能基因和调控因子。
在水稻、家蚕功能基因平台建设和主要动植物功能基因发掘利用方面取得显著的进展，为主要动植物的遗传改良和新品种的培育提供了大量有利用价值的基因资源和分子育种材料。
申请国家发明专利54项，获得专利授权17项；发表研究论文190篇，其中SCI收录122篇；克隆新基因200多个；申报软件著作权2项；培育和审定具有产业化前景的新品种9个，与企业合作产品研发3项；建立示范与产业化基地4个；培养研究生193人，其中博士96人。
